Библиотеката на Софийската духовна семинария „Св. Йоан Рилски” е основана едновременно с откриването на духовното училище през 1903г.
Фондът на семинарската библиотека притежава ценни ръкописи, редки старопечатни издания, голям брой богослужебни книги, богата православна богословска книжнина и светска литература.
Голяма част от екземплярите на това изключително ценно книжовно богатство са на църковнославянски, старогръцки, латински, еврейски, руски, немски, френски, английски и други езици.
Книжният фонд е подреден по отдели, отговарящи на спецификата на учебното заведение.
Особено значение в библиотечния фонд имат: ръкописните псалтикии, старопечатните издания, сред които е богатата сбирка от Русия ( Москва, Киев, Киево-Печерската лавра, Санкт Петербург), колекцията от български книги, отпечатани в Букурещ, Виена, Венеция, Цариград, Солун, Париж, Лондон, Лайпциг и др. градове, ценни книги и периодични издания от епохата на Възраждането и следосвобожденска България.
Като отделни сбирки са обособени книгите, дарени от наследниците на бившите преподаватели в Семинарията – протодякон Георги Ибришимов, учител по омилетика, и Ганчо Велев, учител по църковна и гражданска история.
Библиотечните отдели непрекъснато се попълват с нови издания.
Особено ценни в помощ на учебния процес са дарените книги от Славянобългарския манастир „Св. вмчк Георги Зограф” – Света Гора, изданията на Православното издателство „Витезда”, чийто автор и редактор е г-н Иван Николов, преподавател по Свещено Писание на Новия Завет в Семинарията, както и даренията на духовни и светски лица.
В последните няколко години, с дарителските постъпления на издателство „Просвета – София”, семинарската библиотека бе значително обогатена с учебници по общообразователните предмети и с учебнопомощна литература.
С богатия си и ценен фонд, събиран и обогатяван вече повече от столетие, библиотеката на Софийската духовна семинария „Св. Йоан Рилски” се откроява като една от най-значимите книгохранителници в нашата страна.