Софийската духовна семинария “Св. Йоан Рилски” е основана през 1903 г., като средно общообразователно духовно училище, в което се обучават младежи на възраст от 15 до 20 години от цялата страна и етнически българи от Македония, Молдова, Украйна и Албания, верни на светото православие чeда.
Всички ученици живеят на пълен пансион. Издръжката е от Св. Синод на БПЦ.
През вековната си история Семинарията успява да покаже на обществото, че с изпълняващата възпитателно-образователна дейност, може да създава добри кадри на Църквата и Родината ни.
Висшият църковен клир на Българската православна църква е съставен от възпитаници на духовната ни школа. 

Софийска духовна семинарията „Св. Йоан Рилски” дава своя принос и в областта на академичното знание, като част от завършилите и възпитаниците защитават докторски дисертации в различни научни сфери.
Днес Софийската духовна семинария „Св. Йоан Рилски” е средно общообразователно духовно училище, отговарящо на всички изисквания на МОМН. Учебната програма е насочена към няколко образователни сфери. Учениците ни учат богословски дисциплини, изучават английски и руски език, както и езици, които се преподават само в нашето учебно заведение като – латински, гръцки и църковнославянски. Силно застъпен е историческият цикъл. Изучава се гражданска история, обща църковна история и история на Българската православна църква. Освен изброените дисциплини, в Семинарията усилено се изучава и древно църковно пение (пеене). Учебното заведение разполага с мултимедиен кабинет, компютърна зала, фитнес зала, интернет-кафе и спортен салон. 

Дворът на Семинарията е разположен върху 98 декара зелена площ. В него са засадени изключително редки растителни видове. В източната му част е разположена спортната площадка, която се състои от футболно игрище с тревно покритие и тенис- кортове, които се използват целогодишно.
За нас отделният ученик е от значение, като за всеки един се полагат усилия от добре подготвени педагози, за напредване в образованието и възпитаване в православни ценности. За нас е важно да възпитаваме добри граждани на Република България.

  УЧЕБЕН КОРПУС

В сградата на семинарията е обособен учебен корпус с класни стаи и кабинети. Обучението е само до обяд. Следобед от 14 до 16 ч. учениците има свободно време, а между 16 и 18 ч. – време за самоподготовка. Семинаристите ползват безплатно учебници и учебни помагала, предоставени им от библиотеката на семинарията.