Кратък исторически преглед
Като духовна школа Софийската семинария е продължителка на Самоковското богословско училище, което от своя страна продължава и доразвива започнатото от Богословското училище към Лясковския манастир „Св. Петър и Павел“.
През 1897 г. Св. Синод замисля да премести училището в София, но това не се осъществява и то остава в Самоков.
Изглежда Св. Синод решава да изчака построяването на специално здание за Духовна семинария на подареното през 1897 г. от Столичната община място от 50 дка в местността Курубаглар – голо възвишение южно от София. На 31 март 1902 г. на това, място се стича огромно човешко множество: Негово Царско Височество княз Фердинанд I полага основния камък, а водосвет отслужва председателят на Св. Синод, Варненският и Преславски митрополит Симеон, в съслужение със Софийския митрополит Партений и Старозагорския митрополит Методий.
Преславски и Варненски митр. Симеон Княз Фердинанд I
На тържеството присъстват ректорът на Самоковското духовно училище Йоаким Г. Бакалов, управителят на пансиона – архимандрит Теофилакт, йеромонах Борис, преподаватели, министри, държавници и общественици.
На 20 януари 1903 г. след благодарствен молебен и водосвет, извършен от Софийския митрополит Партений, започват учебните занятия. Йоаким Бакалов остава за ректор и всички учители от Самоковското богословско училище се преместват в София. През тази учебна година курсът на училището става шестгодишен. През април Учителският съвет взима решение Софийското богословско училище да се преименува в Духовна академия.
Голяма грижа на ректора Иван Бакалов е попълването и обогатяването на училищната библиотека, която към този момент е доста бедна. Постепенно се набавят книги и списания с научен и образователен характер: по това време например в Семинарията се получават 37 български и 11 руски богословски списания, като всички руски издания са дар от руския Св. Синод.
От. самото начало на функционирането си Софийската духовна семинария е под прекия надзор на синодалните архиереи, които следят за нормалното протичане на учебния процес, участват лично при провеждането на зрелостните изпити, присъстват на годишните актове.
На 26 октомври 1904 г. – Димитровден, тържествено е осветена семинарската църква „Св. Йоан Рилски“ от синодалните архиереи начело с Варненския и Преславски митрополит Симеон в присъствието на хиляди богомолци, които присъединяват молитвите си към тези на ректора, учителите и учениците.
През 1905 г. Столичната община дарява на Софийската духовна семинария още 30 дка земя и дворът се разширява до 94 дка. Под наблюдението на учителите семинаристите го превръщат много скоро в прекрасен парк.
С всяка измината година условията в Семинарията се подобряват, учебното и възпитателно дело дава все по-добри резултати. Периодът на войните (1912-1918) обаче – Балканска, Междусъюзническа и Първа световна война, които са най-голямото зло за човечеството, се отразява пагубно на Софийската духовна школа. От горните класове са мобилизирани ученици, храната е слаба, облеклото – оскъдно, а самото училище е преместено в частна сграда, където се развиват епидемични заболявания. През това време семинарската сграда е обърната на военна болница.
След войните пансионът се възстановява, броят на учениците нараства до 500. Едва се нормализира животът в училището и започва самостоятелното управление на БЗНС (1920-1923). Семинарските сгради са харесани за новооткрития Агрономически факултет.
Студентите-агрономи и семинаристите съжителстват трудно от 1920 до 1928 г. Подготвя се преместването на Семинарията в Рилския манастир.
След падането на земеделския режим започва нов възход и духовен подем в учебно-възпитателното дело на Софийската духовна семинария. Но избухва Втората световна война. От бомбардировките на София пострадват и семинарските сгради. Пансионското имущество е евакуирано в провинцията – в Рилския манастир, в с. Елешнина, Софийско, в гара Черепиш, Врачанско, в Петропавловския манастир и в Габровския девически манастир – Соколски. През лятото на 1944 г. се правят сериозни приготовления за продължаване на занятията в Габрово, като за това съдействат директорът на Априловската гимназия и габровският индустриалец Симов.
След 9 септември 1944 г. учебните занятия се възобновяват едва през декември 1945 г в сградата на Богословския факултет в София. Част от семинарските класове са временно настанени в гара Черепиш и поставени под администрацията на ректора на Пастиро-богословския институт.
Чак след опразването на семнарските сгради, използвани от XI военна болница, а после и от щаба на Съветската армия, всички класове са събрани и учебните занятия започват през ноември 1947 г. в собствената сграда на Семинарията в София. През септември 1950 т. обаче отново са прекъснати: Софийската духовна семинария се слива с Пловдивската. Обединени под името Софийска духовна семинария, двете духовни училища са преместени на гара Черепиш, защото междувременно с правителствено решение сградите на Софийската духовна семинария са предоставени за Дворец па пионерите и се ползват за такъв чак до 1990 г. Само храмът продължава да функционира като енорийски и затова е отделен от комплекса – сгради с желязна ограда и самостоятелен вход.
Патриарх Кирил сред учители и семинаристи
При последното евакуиране от София през есента на 1950 г. част от пансионското имущество, библиотеката и архивът са пренесени набързо в криптата на храм-паметника „Св. Ал. Невски“. Впоследствие всичко оцеляло отива също в гара Черепиш, а негодното е бракувано. Много ценни документи са безвъзвратно загубени. От запазеното голям интерес за сегашните поколения представляват някои протоколни книги на Учителския съвет, както и годишните рапорти на Ректора и на Учителския съвет до Св. Синод. От тях личи стремежът на учителската колегия непрекъснато да се подобрява учебната програма и педагогическата работа, за да се осъществява успешно нравственото, естетическото и църковно-патриотичното възпитание на учениците.
През пролетта на 1990 г. с министерско постановление са върнати сградите на Софийската духовна семинария и днес в тях продължава обучението и възпитанието на младежите в духа и традициите на национално-православните ценности.
Текст – Архимандрит Сионий (впосл. Велички епископ), ректор на Софийската духовна семинария до юли 2009 г.
От 1903г. до днес
1. Йоаким Бакалов (1903-1904);
2. Архимандрит Климент, впосл. Врачански митрополит (1904-1906);
3. Велички епископ Неофит, впосл. Видински митрополит (1906-1912);
Видински митрополит Неофит
4. Архимандрит Макарий, впосл. Неврокопски митрополит (1912-1916);
5. Йоаким Бакалов (1916-1917);
6. Драговитийски еп. Павел, впосл. Старозагорски митрополит (1917-1923);
7. Архимандрит Климент (март-август 1923);
8. Велички еп. Михаил, впосл. Доростолски и Червенски митрополит (1923-1926);
9. Стобийски еп. Борис, впосл. Неврокопски митроолит (1926-1931);
Стобийски еп. Борис с учители
Неврокопски митр. Борис
10. Траянополски еп. Антим, впосл. Ловчански митрополит (1931-1936);
11. Смоленски еп. Евлогий, впосл. Сливенски митропит (1936-1938);
12. Драговитийски еп. Харитон (1938-1941);
13. Архим. Николай, впосл. Макариополски епископ (1941-1944);
14. Атанас Димитров Караянев (1944-1946);
15. Смоленски еп. Тихон (1946-1971);
16. Браницки еп. Герасим (1971-1986);
17. Архимандрит Йоан (1986-1987);
18. Проф. протопр. д-р Николай Шиваров (1987-1988);
Проф. протопр. д-р Николай Шиваров
19. Знеполски еп. Игнатий, впосл. Плевенски митрополит (1988-1990);
20. Константийски еп. Григорий, впосл. Великотърновски митрополит (1990-1994);
21. Архимандрит Серафим (1994-1996);
22. Архимандрит Сионий, впосл. Велички епископ (1996-2009);
23. Архимандрит Сергий (1.07.2009-30.11.2010);
24. Ставроф. ик. д-р Захарий Дечев (30.11.2010 – до – )
25. Архимандрит Пахомий (13.06.2017 – до – )